Năm 608, cả hai cha con Tổng trấn châu Phi đều mang tên Heraclius đã bắt đầu một cuộc nổi dậy chống lại Phocas, những đồng tiền được ban hành đều mô tả hai cha con trong y phục quan chấp chính (mặc dù không phải hoàng đế). Phocas đáp trả bằng cách hành quyết, trong đó có cựu Hoàng hậu Constantina và ba người con gái của bà. Nicetas, một người cháu của Heraclius Cha đã dẫn đầu một cuộc xâm lược Ai Cập bằng đường bộ, trong khi Heraclius trẻ bắt đầu dong buồm về phía đông với một đạo quân khác tiến tới Sicilia và Síp. Với việc nội chiến nổ ra đã dẫn đến sự náo loạn đô thị nghiêm trọng ở Syria và Palestine; Phocas liền phái tướng Bonosus mang quân đàn áp các cuộc nhiễu loạn và chiếm lại Ai Cập. Bonosus bình định các thành phố phía đông khốc liệt quá mức đến độ ông vẫn được tưởng nhớ đến nhiều thế kỷ sau đó. Kế đến ông đã gần như nắm toàn bộ quân đội phía đông tiến về Ai Cập, để rồi bị Nicetas đánh bại sau một vài trận đánh dữ dội. Người Ba Tư đã tận dụng cuộc xung đột này để chiếm một phần quan trọng của các tỉnh miền đông và thậm chí bắt đầu thâm nhập vào Anatolia.

Đến năm 610, Heraclius con đã tiến gần đến vùng lân cận của Constantinopolis và hầu hết quân đội trung thành với Phocas lại chìm ngập trong thất bại hoặc đào ngũ. Một số quý tộc cấp cao của Đông La Mã đã kịp đến gặp Heraclius để dàn xếp đưa ông làm lễ đăng quang và tôn ông ta lên làm hoàng đế. Khi hành quân đến kinh đô, Excubitor, một đơn vị cấm quân tinh nhuệ dưới sự chỉ huy của người con rể Phocas là Priscus đã đào ngũ sang phía Heraclius, vì vậy mà ông ta dễ dàng tiến vào thành phố mà không gặp phải kháng cự nghiêm trọng nào. Phocas chưa kịp chạy trốn đã bị những kẻ phản bội bắt giữ và đưa đến diện kiến Heraclius với câu hỏi, "Ngươi trị vì kiểu gì đấy, kẻ bất hạnh kia?" Phocas trả lời, "Vậy ngươi sẽ cai trị tốt hơn sao?" Tức giận trước câu trả lời xấc xược, Heraclius đã tự tay mình giết chết và chặt đầu Phocas ngay tại chỗ vào ngày 5 tháng 10 cùng năm. Thi thể của Phocas bị tùng xẻo rồi bị đem đi diễu hành khắp kinh đô trước khi bị thiêu cháy thành tro bụi.